食品的微生物纯度控制在食品工业中非常重要。污染食物的特征通常表现为变质的味道、气味或外观，当食用污染的食物时会对人类健康和生命的威胁。此外，污染也会给食品行业带来巨大的经济损失。用于鉴定微生物的方法有基于表型的鉴定、免疫学、遗传学、或光谱的技术等。这些方法的缺点是费时费力。而MALDI-TOF质谱法快速鉴定微生物因其更快速、准确、经济、易操作，在食品微生物学领域越来越重要。快速鉴定微生物，对食品安全质量控制至关重要。

食物腐败微生物（恶臭假单胞菌等）产生改变感官特性的代谢物产品，如外观、质地、味道和气味，以及降低其营养价值。这也导致了巨大的食品工业的经济损失。食物变质细菌通常不会导致人类疾病，大量摄入它们可能会导致胃肠道疾病干扰。此外，误食细菌产生毒素的食物，导致食物中毒，威胁对人类健康和生命。导致食物腐败的常见病原体包括单核细胞增生性李斯特菌、大肠杆菌，沙门氏菌、金黄色葡萄球菌等。